工作不到三个月就离职要罚款一千元，是否合法

合同中约定离职罚款需具体情况分析，可能不合法。《劳动合同法》规定，用人单位无权罚款，但劳动合同可约定罚款事项，且罚款不能超月工资20%。若罚款过高或无正当理由，可能构成违法克扣工资，影响员工权益，需承担法律责任。
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离职罚款需分析。1.若合同罚款合理且未超月工资20%，可按约定处理。2.若罚款过高或不合理，先与用人单位沟通协商，要求调整或取消。3.协商无果，可向劳动仲裁机构申请仲裁，或提起诉讼，请求确认罚款条款无效，并要求返还已扣罚款。
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处理此类问题，可协商或诉讼。若合同罚款条款合理且双方接受，可按约定执行；若存在争议，建议首先与用人单位协商，协商不成可提起劳动仲裁或诉讼，以维护自身合法权益。